Livonijas lielākajā pilsētā Rīgā Reformācija ātri guva virsroku. 1522.gadā pilsētā uzsāktā, Martina Lutera iedvesmotā baznīcas reforma, pilnībā tika īstenota pāris gadu laikā, rātei ieceļot sludinātājus, izdzenot franciskāņus un dominikāņus no pilsētas, mainot dievkalpojuma kārtību un pārņemot baznīcas īpašumus. Vienīgās katoļu institūcijas pilsētā pēc Reformācijas bija domkapituls un Sv. Marijas Magdalēnas cisterciešu māsu konvents.
Tad, kad Livonijas kara noslēgumā (1558–1583) Rīga nonāca Polijas-Lietuvas karaļa Stefana Batorija (1576–1586) valdījumā, luterāņu pilsētā ieradās jezuīti. 1540. gadā Ignācija Lojolas (1491-1556) dibinātais jezuītu ordenis spēlēja būtisku lomu Polijas karaļa un pāvesta diplomāta, jezuīta Antonio Possevino (1533-1611) plānos: protestantiskos Eiropas ziemeļus atgriezt katoļticībā. Rīgai bija jākļūst par vienu no šīs jezuītu misijas centriem.
Vērtīga jezuītu grāmata. Bībele poļu valodā, kuru tās tulkotājs, jezuīts Jakubs Vujeks (1541-1597) uzdāvināja Rīgas jezuītu kolēģijai.
- gadā jezuīti Rīgā ar karaļa tiešu atbalstu nodibināja savu kolēģiju, pārņemot no luterāņiem Sv. Jēkaba baznīcu un līdzās esošo cisterciešu māsu konventu, kurā bija palikušas vien dažas māsas cienījamos gados. Pilsētas nonākšana katoļu karaļa valdījumā un rātes atbalsts pāvesta Gregora XIII ierosinātajai kalendāra reformai (1582) izraisīja vardarbīgus pilsētnieku nemierus (1584–1589). Pilsētnieku neapmierinātība tika vērsta arī pret jezuītiem.
Kolēģija bija vieta, kur jezuīti studēja un nodevās intelektuālam darbam, lai sagatavotos misiju darbam, tāpēc bibliotēkai kā zināšanu krātuvei bija būtiska loma katras kolēģijas dzīvē. Visticamāk, bibliotēka tika izveidota tajā pašā gadā, kad dibināta pati Rīgas kolēģija; par to liecina īpašuma ieraksti jezuītu grāmatās, kas datējami ar 1583. gadu.
Rīgas jezuītu kolēģijas 1583. gadā iegūta grāmata. Īpašuma ieraksts: Liber Collegij Societatis IESV Rigae anno 1583.
Rīgas jezuītu kolēģijas bibliotēku veidoja pakāpeniski, bet mērķtiecīgi, lielāko daļu grāmatu nopērkot. Bibliotēkā tika iekļauti vairāki citi iepriekš pastāvējuši grāmatu krājumi. Pārņemot bijušo cisterciešu konventu jezuītu īpašumā nonāca cisterciešu māsu lūgšanu grāmatas, kuru vidū ir Annas Notkenas stundu lūgšanu grāmata.
- gadsimta beigās jezuītu kolēģijas bibliotēkā nonāca arī katoļu priestera Reinholda Gemekova, kurš 16. gadsimta vidū darbojās Livonijā un vēlāk Prūsijā, savāktās grāmatas, kas reiz piederēja vairākiem Livonijas priesteriem pirms Reformācijas. Daļa grāmatu ir individuāli dāvinājumi, daudzi sējumi bija nonākuši Rīgā no citām Eiropas jezuītu kolēģijām. Bibliotēkas grāmatu vidū var atrast Bībeles un psalmu izdevumus daudzās valodās, katoļu un protestantu teologu darbus, retorikas apguvei veltītus tekstus, filozofiskus traktātus, vārdnīcas, katehismus un liturģijas grāmatas. Pirms bibliotēkas aizvešanas no Rīgas 1621. gadā tajā bija gandrīz tūkstotis grāmatu un tā bija viena no lielākajām grāmatu kolekcijām Baltijas jūras reģionā.
Priesterim Reinholdam Gemekovam piederējusi grāmata.
Livonijas bīskapa Oto Šenkinga (ap 1554-1637) dāvinājums Rīgas jezuītu kolēģijai.