V červenci 1988 byly přijaty stanovy Sacharovovy ceny. Podle nich může být cena udělena komukoli bez ohledu na státní příslušnost, bydliště či sídlo a vítěz obdrží peněžní odměnu ve výši 5000 ECU. V případě písemných děl může Evropský parlament také podpořit jejich zveřejnění. Podle původních stanov muselo jednotlivé nominace podpořit nejméně 25 poslanců Evropského parlamentu a podané návrhy pak posuzoval Výbor pro politické záležitosti, který mohl konzultovat i samotného Andreje Sacharova. Výbor pak sestavil užší výběr tří kandidátů, který předložil rozšířenému předsednictvu, a to pak určilo konečného vítěze. Už tehdy platilo, že cenu předává laureátovi předseda Parlamentu na slavnostním ceremoniálu, který se koná během plenárního zasedání. Finanční odměna, která je s cenou spojena, během let vystoupala až na 50 000 eur jako uznání za zásluhy těch, kdo po celém světě bojují za lidská práva.
Stanovy Sacharovovy ceny prošly výraznou obměnou v roce 2003 na základě návrhů německého poslance Elmara Broka, tehdejšího předsedy Výboru pro zahraniční věci, lidská práva a společnou bezpečnostní a obrannou politiku. Reforma se týkala zejména zaměření ceny. Bylo stanoveno, že může být udělena za „výjimečný počin“, tedy intelektuální či umělecký výkon nebo aktivní činnost, v několika oblastech: těmi jsou obrana lidských práv a základních svobod (zejména práva na svobodu názoru), obrana práv menšin, dodržování mezinárodního práva či rozvoj demokracie a právního státu.
Podle nových pravidel mohou nominace předkládat i politické skupiny, i když poslanci jako jednotlivci mohou svou podporu vyjádřit pouze jedné kandidatuře. Kromě toho se počet poslanců, kteří musí podpořit jednotlivé nominace, zvýšil ze 30 na 40, protože bylo nutné zohlednit zvýšení celkového počtu poslanců po rozšíření Evropské unie v roce 2004. Podobně jako v původním znění pravidel posuzuje předložené nominace Výbor pro zahraniční věci, který z nich vybere tři jména, a z nich konečného vítěze určí Konference předsedů, složená z předsedy Parlamentu a předsedů politických skupin.