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Nel luglio 1984, durante un dibattito in plenaria sulla situazione di Andrej Sacharov, è nata l'idea di creare un premio annuale del Parlamento europeo. Il premio era originariamente destinato a ricompensare attività dedicate allo sviluppo delle relazioni Est-Ovest, alla libertà di discussione e di indagine e alla difesa dei diritti umani e dello Stato di diritto. Come ha detto il deputato e relatore francese Jean-François Deniau, il Parlamento europeo liberamente eletto ha il dovere e la responsabilità di difendere le libertà fondamentali. Per Deniau, Andrej Sacharov incarnava perfettamente il premio.
Sacharov era un cittadino europeo che personificava la libertà di pensiero e di espressione e che, a causa delle sue convinzioni e della sua coscienza, aveva deciso di rinunciare a tutti i vantaggi materiali e agli onori che gli venivano concessi.
Jean-François Deniau
I deputati europei hanno risposto a questa potente sfida: il 13 dicembre 1985 viene approvata a larga maggioranza la proposta di risoluzione che istituisce il Premio Sacharov per la libertà di pensiero.
Su richiesta personale dell'allora Presidente del Parlamento europeo, Lord Plumb, nella primavera del 1987 Andrej Sacharov dà il proprio sostegno al progetto e accetta la creazione di un premio a lui intitolato. Si decide infine che il premio Sacharov sia assegnato a singoli o organizzazioni che si sono distinti nelle loro attività, impegni o realizzazioni nel campo dei diritti umani in Europa e nel mondo. Viene concordato con la commissione politica del Parlamento che il primo premio Sacharov sia assegnato entro la fine del 1988 a Nelson Mandela e Anatoli Marchenko, quest'ultimo proposto dallo stesso Sacharov.
